В рамках смен «Заповедная страна» формируются несколько профильных отрядов: «Юные орнитологи», «Зеленые роботы», «Экоракурс», «Звуки природы», «Заповедный спецназ», «Эколидеры». Каждый год дети из этих отрядов принимают участие в полевых командных соревнованиях, олимпиадах по спортивной орнитологии, викторинах «Голоса птиц», «Голоса Животных», занятиях по ландшафтному дизайну, соревнованиях по планированию городской экологической среды, экомарафонах, встречах с ведущими биологами Крыма и России, фотовыставке «Артек» глазами детей», посвященной экологической тематике. Ведущие преподаватели МГУ читают детям лекции по биологии, зоологии, ботанике, орнитологии и пр. По Красной книге Крыма занятия с детьми проводят специалисты Министерства экологии и природных ресурсов Республики Крым. Направление основной программы сохраняется из года в год, лишь немного меняется ее наполнение.
В рамках программы дети исследуют природу «Артека» и его окрестностей. По итогам смен составляют справочники-определители животных, которые обитают на территории лагеря. В 2017 году дети подготовили такой справочник по энтомологии.
Отряд «Юные орнитологи» в марте 2017 года составил подробный реестр из 33 видов птиц побережья Южного берега Крыма, которых ребята могли наблюдать в течение смены. Всего во время смены юные орнитологи с помощью биноклей, фотоаппаратов и полевых определителей птиц наблюдали за 54 видами птиц. Среди них обнаружили и самую маленькую птичку России – красноголового королька, который водится только на Черноморском побережье и обитает в «Артеке».
На экологических сменах дети получают знания, набираются опыта, а потом, уезжая домой, продолжают работу в своих городах.